Тебердинский заповедник был основан в 1935 году как заповедник местного значения. Территория заповедника лежит в высокогорье, занимая верхнюю часть бассейна реки Теберда, между Центральным и Северо-Западным Кавказом. Отдельный участок заповедника расположен в ущелье Кизгыч с протекающей по нему одноименной речкой — притоком Большого Зеленчука.